建立了歷法，就第一次有了“一年”的時間概念。有限時間的概念，就要有人對天時和歷法有一定的管理和提醒。這樣人們才可以在正確的時間內(nèi)做成正確的事。伏羲為此設(shè)立了“柱下史”這一官員進行合適地管理。
并命人在居住區(qū)外圍筑墻，始為城，為都；并在城中設(shè)靈臺，以為祭祀中心。根據(jù)考古發(fā)現(xiàn)，伏羲時代的“城”并不是指一座高大的城池，而是向下掘深溝，長寬約為1.8×1.4米左右。大約為圓形的一圈，城池內(nèi)為居住區(qū)，城池外為為墓葬區(qū)。溝渠內(nèi)灌水，主要是用來防御野生動物的侵襲，同時溝壑與江河相連，方便族人們?nèi)∷??！岸肌辈⒉皇侵覆柯渲械氖锥?，而是如伏羲般部落首領(lǐng)和高級管理人員所居住的寨子。這個“都”是可以移動的，隨著首領(lǐng)及其部落的遷移而移轉(zhuǎn)。而“都”在人們的眼里和心中之所以高貴，就是因為祭祀臺設(shè)在“都”的中心位置。這就是“靈臺”。
同時伏羲初步設(shè)想并完善了部族的管理體制。立巫政管理制度，設(shè)官分政。以龍紀官，命大庭氏為居龍氏，治屋廬，營建筑，安營扎寨，壘壩筑垣，砌方壇。藪魁氏為水龍氏，導洪水，滋草木。陰康氏為土龍氏，治田地，主農(nóng)田與放牧?；煦缡蠟榻谍埵?，驅(qū)民害。昊英氏為潛龍氏造甲歷。朱襄氏為飛龍氏造書挈，巫師，軍師。
“巫”是指與上天相通的人，而巫政并不是使用巫術(shù)。伏羲設(shè)立的巫政是由他自己和伏羲設(shè)立的官員們統(tǒng)領(lǐng)人們進行打獵，防害等部族統(tǒng)一行動的指揮系統(tǒng)。伏羲設(shè)巫政，建立了一套戰(zhàn)時和重大災害臨時指揮管理制度。接著，伏羲在苦思治理之策后，想出了團結(jié)所有為官為的人的一個辦法。伏羲想到了女媧部族的“蛇”圖騰，于是他結(jié)合蛇和其他動物的一些特點，組成了一個新的圖案，這個圖案就是龍。之后，伏羲便“以龍紀官，分理海內(nèi)”。
在這段時間，鳳靈希為伏羲誕下了第二個兒子，取名風羲叔。沒過多久，伏羲便開始在身邊設(shè)立了核心治政集團，伏羲以共工氏為上相，柏皇氏為下相，朱襄氏為左監(jiān)，昊英氏為右監(jiān)。命栗陸氏居北，為冬官，號黑龍氏；命赫胥氏居南，為夏官，號赤龍氏；命昆吾氏居西，為秋官，號白龍氏；命葛天氏居東，為春官，號青龍氏（又稱蒼龍氏）；命陰康氏居中，為中官，號黃龍氏。
《呂氏春秋·古樂篇》記載：“昔葛天氏之樂，三人操牛尾，投足以歌八闕：“一曰載民，二曰玄鳥，三曰遂草木，四曰奮五谷，五曰敬天常，六曰達帝功，七曰依地德，八曰總禽獸之極。”共八場演出“操牛尾”是指他們歌舞時手拿著牛尾做道具?！巴蹲恪笔钦f他們用腳來踏著音樂的拍子。所謂歌的八闕，分別詠草木稼禾繁茂，五谷豐登，“敬天?！薄耙赖氐隆笔侵赶让駛兙刺旆ǖ亍Ｊ菍ι竦木窗?，祈求?！翱偳莴F之極”是指驅(qū)逐猛禽怪獸，保一方平安！八場演出結(jié)束后人們在一起盡情的歡呼！偉哉，伏羲！大哉伏羲！美兮，女媧！同時群舞群歌，歡歌笑語，震撼山河?？梢姺嗽诓柯涿癖姷男闹惺呛苁軔鄞?。遇上這樣的場景，伏羲也每每攜同女媧一起與民歡樂。
公元前7719年，這一年按氣象的記載是暴雨成災。此時伏羲正陪同妻子鳳靈希在娘家的女媧部落，這只是尋常的回娘家，原因是鳳娘娘又懷上了屬于他們的第三個孩子，正大著肚子呢。這次接連下著的暴雨使得黃河河水猛漲，這是第一次有史載的黃河發(fā)大水的記錄。黃河水在河套地區(qū)漫延開去，使得共工氏部落直接受災。于是共工向伏羲請求將部族搬遷，伏羲同意了。共工就將部落遷到了天齊建木的地方，同時將祭祀的禮儀遷入了“都”內(nèi)。同時，鳳氏女媧部落也同樣受到了暴雨侵襲，由于地下河水猛漲，使得在今漢中地區(qū)的由石灰?guī)r構(gòu)成的山體極度不穩(wěn)。開成了一次大的塌陷。這就是形成今天漢口天坑群的最重要的一次溶洞塌陷。在天災的猛然侵襲下，伏羲、女媧組織族人乘葫蘆舟逆向漂流向西逃亡至麥積山，避難于仙人洞，直至水勢減小時才通過山地轉(zhuǎn)移，逃往秦嶺太白山，向太白族人求救?！短洗缺闵綄毦怼酚涊d，玉連渡馬，（經(jīng)實考，野馬河有賜馬溝，卡馬石，上馬石，走馬梁）太白金星渡雞，二郎神楊戩渡狗，（經(jīng)實考，楊戩出生在西和縣二郎壩村，青水河南有龍頭門，龍二門，龍二門仙掌印，龍二門屁股印，龍三門）竹林渡豬，（經(jīng)實考，竹林渡豬的青竹溝是現(xiàn)在禮縣灘坪的青牛溝村，有仙洞崖，漾水崖，豬林彎，大豬林，天池）
這次因為天災的避難，伏羲雙發(fā)現(xiàn)了此前沒有發(fā)現(xiàn)的太白一族，一個重要的發(fā)現(xiàn)是太白族人已經(jīng)開始人工馴養(yǎng)雞和狗。結(jié)合秦嶺的實際，此時的太白族人實際馴養(yǎng)的是在秦嶺上生活的野雉雞和獵狗。所以才會有以后的二郎神身邊厲害的嘯天犬。災后伏羲“教民養(yǎng)六畜以充庖廚，備為犧牲”于是，伏羲的族人們開始對雞和狗開始了家養(yǎng)。一直到鳳靈希生下了伏羲的第三子和仲，伏羲和妻子帶著孩子，率領(lǐng)族人又一次回到了原來的地方，在太白族人的幫助下重建了部落區(qū)，取名“鳳城”。