晉安帝元興元年（402年），當時占據(jù)長江中游的軍閥桓玄以清君側（誅殺奸臣司馬道子父子）為名，起兵叛亂，部隊順長江而下，欲圖直取建康。司馬道子聞訊，再次派出劉牢之進行鎮(zhèn)壓。
但是這個時候，劉牢之自己卻動起了歪腦筋。
要說劉牢之這個人統(tǒng)兵水平相當不錯，勇武更是天下無雙，但是政治智慧怕不是要成負數(shù)了。當初公元398年王恭起兵攻打司馬道子的時候，劉牢之就臨陣叛離王恭，投奔司馬道子，直接導致了王恭的被殺。
這回，他又想叛主了，他想臨陣倒戈，投奔桓玄，賣了司馬道子。
劉牢之的擔心聽起來也很有道理，他覺得，如果自己打不過桓玄，那不如投降；如果自己打得過桓玄，錘爆桓玄以后肯定功高蓋主，司馬道子父子肯定容不下自己，為了不當白起韓信，還是不如投降。
簡而言之，不如投降。
這個主意當然愚蠢透了，他已經(jīng)叛王恭而投司馬道子，這回再叛司馬道子而投桓玄?；感膊皇巧底樱瑒⒗沃绱朔磸蜔o常，這還能信任他簡直有鬼了，難道會不怕自己哪天又成了王恭、司馬道子？
劉裕跟劉牢之的侄子何無忌兩個人苦口婆心地勸劉牢之，但是這位劉牢之此時打定心思，一定要臨陣倒戈，攔都攔不住。
于是，劉牢之投降了桓玄，這么一來最先去見司馬炎的當然司馬道子父子，然后下一個……就是劉牢之了。
桓玄也不想把這個反復橫跳的家伙接著留下去了，于是乎立馬奪了劉牢之兵權，讓他去當一個征東將軍、會稽太守，實際上把他剝離了北府軍的指揮權。
劉牢之雖然政治智慧為負，但最起碼不是傻子?；蛘哒f，連傻子都看得出，桓玄這手調(diào)度絕對不安好心。
這時，劉牢之又有了一個主意——再叛。結果他一個部下直接嗆回去說：“你先背叛了王恭，前幾天剛剛背叛了司馬道子，現(xiàn)在又要背叛桓玄，一個人三次背叛主人，您還想怎么混下去？”然后就直接不理劉牢之，跑路了。
劉牢之這時才發(fā)現(xiàn)不妙，加上兒子劉敬宣去京口轉移家室，到了約定的時間還沒回來，劉牢之以為兒子被殺，于是選擇了上吊自殺，結束了自己不斷跳槽的一生。劉牢之死后，劉敬宣、高雅之、司馬休之等人跑到南燕，投奔了慕容德。
在這種情況下，劉裕的處境顯得非常尷尬了。事實上，他如果不想去陪劉牢之的話，目前似乎只有兩條路好走——要么像那些北府軍老前輩那樣投靠慕容德，要么就暫時依附于桓玄。劉裕選擇了第二條路對何無忌等人表示：“如果桓玄能夠安安心心謹守臣節(jié)，我們就侍奉桓玄。如果他想搞事情，我們就干掉他?！?p> 指望桓玄謹守臣節(jié)當然是不可能的，桓玄要是會謹守臣節(jié)他也不會帶兵打建康了。在攻克建康的同時，桓玄就矯詔自封為侍中、都督中外諸軍事、丞相、錄尚書事、揚州牧，領徐州刺史，總百揆，又加假黃鉞、羽葆鼓吹、班劍二十人。同年，“又加袞冕之服，綠綟綬，增班劍為六十人，劍履上殿，入朝不趨，贊奏不名”（《晉書·桓玄》）。
要知道桓玄他老爹桓溫一生南征北戰(zhàn)，西滅成漢，三伐中原，光復故都，晚年擅權獨大，圖謀篡位，結果到死也沒能拿到這些地位。桓玄現(xiàn)在已經(jīng)半個屁股坐在了建康城的龍椅上，離登上帝位只有一步之遙。
元興二年（403年），桓玄又加揚州牧，晉封楚王，加九錫，正式走完了篡位前所有的流程。同年十二月，桓玄迫使晉安帝司馬德宗禪位于自己，把另外半個屁股也挪到了龍椅上，把國號建為“楚”，追謚其父桓溫為楚宣武帝。
與此同時，劉裕在元興元年便奉桓玄之命東征盧循，次年正月，劉裕在東陽、永嘉接連大破盧循，加號彭城內(nèi)史，也得到了桓玄的器重。
在桓玄篡位之前，桓玄的從兄桓謙找到了劉裕，問劉裕支不支持桓玄稱帝。
你問持不支持，劉裕當然是不支持的。但問題是，就算劉裕說不支持，說得好像桓玄就不會稱帝了似的。
搞不好，桓玄先把劉裕干掉，然后稱帝。劉裕當然猜到了這點，于是心里再怎么不同意，嘴上還是表示桓玄稱帝是眾望所歸云云，至于背地里，劉裕開始積極從事倒桓事業(yè)，準備光復晉朝。
桓玄篡位的時候，劉裕還沒有跟桓玄撕破臉，于是乎違心地也來到京師，朝賀桓玄?；感姷絼⒃?，也覺得他是一代人杰。要說桓玄的妻子劉氏也不是一般人，對桓玄說劉?？隙ú粫槿酥拢t早要反。但是這點，桓玄也已經(jīng)看出來了，但是他還有更高的目標。
他想北定中原，蕩平關隴，而他覺得這件事只有劉裕做得到，所以，他想等到中原平定以后再去找劉裕算賬。
桓玄確實也有兩把刷子，這一點他沒有看錯劉裕，劉裕在未來也確實完成了北定中原的偉業(yè)，只不過不是為桓玄做到的而已。
劉裕當然不想為桓玄北定中原，然后變成韓信第二。他在元興三年二月乙卯（公元404年3月24日）召集何無忌、魏詠之、檀憑之、檀韶、檀道濟、孟昶、孟懷玉、向靖、臧熹等二十七人以及一百多個自愿跟隨的人在京口發(fā)動兵變，奪取京口，殺死桓修，率領征募的千余百姓向京師建康進軍。
從此后作戰(zhàn)記錄來看，楚軍兵力至少在三萬人以上。
一千打三萬，還是臨時征調(diào)的義軍打正規(guī)軍，怎么看都不像能贏的樣子。所以，桓楚眾臣聽到消息，內(nèi)心毫無波瀾，覺得干掉劉裕簡直是易如反掌，只有皇帝桓玄一個人慌得一批，他覺得這劉裕、劉毅、何無忌三個人都絕對不可小覷，于是拒絕了大軍進攻劉裕的提議，決定層層設防，采用被動防御的戰(zhàn)術?；感汕渤娒麑歉χ?、皇甫敷各率軍數(shù)千在江乘、羅落橋抵御劉裕。
三月戊午朔（公元404年3月27日），劉裕與吳甫之在江乘相遇，劉?？吹綌?shù)倍于己的敵軍，一點不慌，抄著一把長刀突了進去，竟然直接打崩了楚軍……
劉裕一天之內(nèi)，在江乘、羅落橋連續(xù)兩次大破楚軍，陣斬吳甫之、皇甫敷，率軍直撲建康。
這回，桓楚上下終于意識到了問題的嚴重性，桓玄亮出了最后的底牌——他派遣心腹卞范之駐守戰(zhàn)略要地覆舟山，堂兄弟桓謙出鎮(zhèn)東陵口，兩軍合計二萬人，抵御劉裕。
劉裕面對十幾倍于己的敵軍，集結兵力攻打覆舟山。他先命人虛張聲勢，作疑兵之計，打擊楚軍士氣。隨后，劉裕身先士卒，率軍突擊，并趁風放火，楚軍竟然直接土崩瓦解。桓玄面對敗局已定，決定放棄建康，抓著晉安帝，逃回長江中游的老巢。
三月庚申（公元404年3月29日），劉裕攻入石頭城，重新建立東晉宗廟，這天距離劉裕在京口舉兵不過六天。
六天，只有六天，劉裕只用了六天時間率領一千余人擊敗了三萬多楚軍，光復建康，重新設立東晉宗廟。
但問題是，這個問題并非光復首都就能搞定的，建康雖然光復了，但是皇帝還在桓玄手里，而且各地到處都是桓楚余部，就像《宋書·向靖傳》中說：“京邑雖平，而群寇互起”，劉裕真正能夠實際控制的領土相當有限。
于是，劉裕在光復建康后向西方和北方接連發(fā)起進攻。北部戰(zhàn)線上，諸葛長民擊潰了企圖進軍壽陽的桓歆，向靖、劉藩、孟龍符又在白茅擊敗了桓歆、桓石康、桓石綏的軍隊，一舉拿下了重鎮(zhèn)壽陽。
西線，晉軍在劉毅、何無忌、劉道規(guī)的帶領下，節(jié)節(jié)得勝，在桑落洲擊敗楚軍名將郭銓，并在崢嶸洲追上了敗逃的桓玄，又一次對楚軍發(fā)起火攻，隨后率軍突擊，大破楚軍，桓玄也在敗逃途中死于被砍死在船上。隨后，桓謙、桓振率領桓氏余黨占據(jù)江陵，頑抗晉軍。晉軍與楚軍在夏口展開大戰(zhàn)。楚軍分守三處重地抵御晉軍。劉毅、何無忌、劉道規(guī)分兵進攻防守較為薄弱的兩處，一舉攻克兩處陣地，迫使孤立無援的楚軍名將馮該放棄夏口撤軍，隨后劉毅等人一鼓作氣，攻破江陵。
此后，桓氏余部仍然在堅持反晉斗爭，其徹底覆滅要是好幾年后的事情了。不過，此時的桓氏政權已經(jīng)再也無力掀起波瀾，此處也就不再贅述了。