第十三集-敵我同源
時(shí)間，第十使徒消滅后，第十一使徒出現(xiàn)前。
這天，EVA的開發(fā)人員赤木博士來(lái)的政府高層，申請(qǐng)?zhí)峁┮恍┵Y金，因?yàn)槌嗄窘?jīng)過一段時(shí)間的思考，想將零號(hào)機(jī)改造成三號(hào)機(jī)，增強(qiáng)戰(zhàn)斗力，設(shè)計(jì)圖都已經(jīng)寫好了。
政府經(jīng)過討論后同意了此事，暫時(shí)回收了零號(hào)機(jī)。
時(shí)間，現(xiàn)在。
零號(hào)機(jī)的改造差不多完成了，而在改造零號(hào)機(jī)的這段時(shí)間里，政府的程序員在赤木博士的設(shè)計(jì)圖里找到了靈感，自己設(shè)計(jì)了一個(gè)東西，他找到赤木博士告訴了這件事。
程序員：赤木博士，您在設(shè)計(jì)圖里說想將EVA的系統(tǒng)里增加一個(gè)能夠自動(dòng)解析敵人的戰(zhàn)斗方式并做出完美判斷的系統(tǒng)。但我想這樣太麻煩了，與其在如此龐大的EVA系統(tǒng)里在增加新的東西，不如直接改造整個(gè)插入栓，讓其變成全自動(dòng)，由系統(tǒng)代替駕駛員作戰(zhàn)。我將其稱之為，傀儡插入栓。
赤木簡(jiǎn)略的瀏覽了這傀儡插入栓的設(shè)計(jì)，雖然覺得好，但是表示不同意，因?yàn)槌嗄居X得人類不能完全依靠機(jī)器，雖然系統(tǒng)能進(jìn)行判斷，但往往有時(shí)候機(jī)器的判斷并沒有人類的好。這個(gè)系統(tǒng)也只是想在緊急情況的時(shí)候作為備用方案用來(lái)逆轉(zhuǎn)戰(zhàn)局的保險(xiǎn)。
赤木如此說道，程序員聽完后心里十分的氣憤，但是這里可是NERV，他不敢鬧事，只能氣沖沖的走了出去。
學(xué)校那里，碇巧在上著課，講到知識(shí)點(diǎn)的時(shí)候發(fā)現(xiàn)凌居然在下面打瞌睡，然后一粉筆砸到凌的頭上說“凌同學(xué)，上課時(shí)可不能睡覺哦?！?p> 凌：抱歉老師。
碇巧：那么我們繼續(xù)來(lái)講題，這道題說要證明AD是⊙O的切線，這道題其實(shí)很簡(jiǎn)單，我們首先要......
過了一會(huì)，下課鈴聲響起，學(xué)生們都走出了教室，碇巧帶著三人來(lái)到天臺(tái)繼續(xù)講之前沒有講完的事。
碇巧將關(guān)于人類同化計(jì)劃所知的一切都告訴了三人，當(dāng)年南極的沖擊事件都是seele一手策劃的，他們?cè)染褪悄菆?chǎng)實(shí)驗(yàn)負(fù)責(zé)核心的工作人員，那次實(shí)驗(yàn)中，他們發(fā)現(xiàn)了遠(yuǎn)古時(shí)期就造訪過地球的外來(lái)生物-亞當(dāng)。
實(shí)驗(yàn)的過程中，他們發(fā)現(xiàn)亞當(dāng)體內(nèi)的細(xì)胞能和人類的細(xì)胞產(chǎn)生一種非常特殊的反應(yīng)，這種反應(yīng)可以促進(jìn)生物快速進(jìn)化，脫離原有的生態(tài)系統(tǒng)，成為一種新生命。三人回想了一下目前出現(xiàn)過的所有使徒，除了三，四，五，和沒露過面的第七使徒，其他都有著類似人的外表，人的四肢，人的五官，甚至人的思想，幾乎都和人類一模一樣。
碇巧：不僅如此，關(guān)于時(shí)空的裂縫這件事，也是seele策劃的，他們故意讓那場(chǎng)實(shí)驗(yàn)失敗，通過沖擊的巨大力量打開了裂縫。這個(gè)裂縫也不簡(jiǎn)單，它也有著巨大的能量，能進(jìn)一步的讓生物細(xì)胞變異，成為新物種。
綜上所述，這些一切都是seele的計(jì)劃，他們想通過使徒與人類的對(duì)戰(zhàn)，總結(jié)經(jīng)驗(yàn)，創(chuàng)造出能夠永生的生物，促進(jìn)人類進(jìn)化，獲得接近于神的力量，從而支配世界。
突然這時(shí)，使徒出現(xiàn)，它跟前幾次出現(xiàn)的使徒一樣，都有著類人的軀體，而這次的使徒比起以前的來(lái)說要強(qiáng)上許多。
EVA緊急出動(dòng)后與使徒展開戰(zhàn)斗，使徒一打二，全程把兩臺(tái)EVA吊著打，兩臺(tái)EVA都不知道被打得在地上滾了多少圈。在被使徒長(zhǎng)時(shí)間的壓制后，使徒卻轉(zhuǎn)身離開了。
當(dāng)兩臺(tái)EVA想追上去的時(shí)候，系統(tǒng)顯示機(jī)體受損，大多都在關(guān)節(jié)處，無(wú)法正常運(yùn)動(dòng)。
碇巧在學(xué)校天臺(tái)看著，說“果然變強(qiáng)了”。按照seele的尿性，下一步就是三號(hào)機(jī)來(lái)到這里了。然后下一秒真嗣就接到了電話，果然是三號(hào)機(jī)要來(lái)了。
到了晚上，所有人都走了，但唯獨(dú)碇巧一個(gè)人還留在辦公室，他侵入學(xué)校的攝像頭，讓其一直停留在沒有人的時(shí)間段。他用學(xué)校的網(wǎng)絡(luò)繼續(xù)調(diào)查著這些事。這時(shí)突然有一位女老師急急忙忙的跑回辦公室，碇巧被下了一跳。
碇巧：千千千鶴老師你怎么回來(lái)了。
千鶴：??？碇老師？你怎么還沒走??？
?。ㄇQ老師，原名：鈴原千鶴）
碇巧：啊，剛剛忙完，正準(zhǔn)備走呢，你也是，怎么回來(lái)了。
千鶴：我剛回到家準(zhǔn)備放松一下時(shí)發(fā)現(xiàn)手機(jī)沒帶，翻遍了包也沒有，所有回來(lái)看看。
碇巧：這樣啊。
千鶴找了找自己的辦公桌，果然找到了手機(jī)，碇巧準(zhǔn)備走時(shí)千鶴叫住了他，問碇巧是不是住在西面邊緣區(qū)，碇巧回答是，千鶴說自己也住那附近，碇巧回了一句“so？”
千鶴：其實(shí)我，出門太急忘記帶錢包了，隨身帶的錢剛打車來(lái)時(shí)花完了。所以能帶我一程嗎？
碇巧：可以呀，走吧。
千鶴：謝謝碇老師。
兩人坐上了晚班的公交車，但因?yàn)槭峭戆嘬?，不能送到邊緣區(qū)，得要步行一段時(shí)間。在夜晚的街道上，兩人一同走在空無(wú)一人的街道上，一路都沒有說過話。為了找話題，千鶴問碇巧有沒有女朋友。
碇巧：女朋友啊，沒有。
千鶴：誒！碇老師居然沒有女朋友！
碇巧一臉平靜的回了句“嗯”
千鶴：碇老師別看玩笑了，你人雖然長(zhǎng)得普通，但是人好還很溫柔，并且在日常中還很會(huì)照顧人，為什么會(huì)沒女朋友?。?p> 碇巧：因?yàn)橐袁F(xiàn)在的狀況我不想交啊。
千鶴：不想交？是還沒遇到對(duì)眼的嗎？
碇巧：不，我雖然沒有女朋友，但是，我有老婆啊。
千鶴：誒?。?！
千鶴不敢相信這位雖然白發(fā)但是依然很年輕的人居然已經(jīng)有了老婆，碇巧還說自己老婆還懷著孕，因?yàn)楣ぷ鲉栴}不能一直陪她，但是能定期抽點(diǎn)時(shí)間回去看看，也算是一種對(duì)老婆的關(guān)心吧。過了一會(huì)，兩人各自回到了家中，碇巧洗好澡后躺在床上，慢慢的睡去。
到了第二天，三號(hào)機(jī)運(yùn)來(lái)了，以防使徒再次出現(xiàn)，NERV立刻準(zhǔn)備了啟動(dòng)工作。經(jīng)過一段時(shí)間的調(diào)整和實(shí)測(cè)試，三號(hào)機(jī)已經(jīng)可以運(yùn)用在實(shí)戰(zhàn)當(dāng)中了。
第三天的下午，使徒又出現(xiàn)了，這回有三臺(tái)EVA了，一定可以擊敗使徒。面對(duì)三人的圍攻，使徒很快就跟不上三人的連擊節(jié)奏，露出了破綻，這時(shí)碇巧駕駛最終號(hào)機(jī)來(lái)收人頭了。
最終號(hào)機(jī)從天而降的給了使徒一擊飛踢，讓掏出一把等身長(zhǎng)的背前長(zhǎng)船向使徒砍去，使徒很快就被打到在地。最終號(hào)機(jī)站在使徒旁邊，用手有力一掏，將使徒的核心掏了出來(lái)，隨后將其捏碎。
就在以為結(jié)束時(shí)，真嗣與三號(hào)機(jī)的連接出現(xiàn)異常，神經(jīng)連接非常紊亂。
碇巧：最后還是來(lái)了嗎。
在駕駛艙里的真嗣感到非常痛苦，青筋暴起，隨后暈倒在地。突然，真嗣又睜開了眼睛，三號(hào)機(jī)的眼睛也隨之變成紅色。
明日香：這是，怎么了。
凌：真嗣！你怎么了！
碇巧：不用喊了，現(xiàn)在他聽不見，因?yàn)楸┳?，做為死人活著的代價(jià)，也就是副作用，發(fā)作了。
此時(shí)的真嗣已經(jīng)逐漸變得像個(gè)野獸了，嘴里喘著粗氣，雙腿微曲，手部呈爪子狀，以極快的速度沖向他們，瞬間把明日香跟凌撩到在地。
NERV想要切斷真嗣和EVA的連接，但是沒有，信號(hào)被拒絕，無(wú)法彈出插入栓。
碇巧：真麻煩，不過比野性，我還沒怕過。
碇巧從最終號(hào)機(jī)里走了出來(lái)，縱身一躍，變成了上次出現(xiàn)的巨大怪物，碇巧讓最終號(hào)機(jī)退下，讓他自己來(lái)解決。
當(dāng)三號(hào)機(jī)沖來(lái)時(shí)，碇巧抓住時(shí)機(jī)，一擊將三號(hào)機(jī)的腹部擊穿，繞道背后將插入栓強(qiáng)行拔出，一個(gè)回旋踢將三號(hào)機(jī)解決。
碇巧：雖然知道很弱，但也太弱了吧。
碇巧讓最終號(hào)機(jī)回去，然后自己變回原來(lái)的樣子，碇巧把插入栓打開將真嗣救出，然后一拳給真嗣體內(nèi)傳遞了一些能量，能抑制暴走。
凌和明日香二人趕了過來(lái)，將暈倒的真嗣接走，碇巧告訴他們，“即使有了三號(hào)機(jī)也不要讓他長(zhǎng)時(shí)間和EVA接觸，否則會(huì)和今天一樣”
NERV回收了三臺(tái)EVA，碇巧也回到了家中。
碇巧：接下來(lái)如果讓真嗣獲得生命果實(shí)的話，說不定能起死回生，你還真是倒霉啊，力天使。
第十三集-完
預(yù)告：最強(qiáng)拒絕型使徒到來(lái)，不得使用的三號(hào)機(jī)，NERV將迎來(lái)一場(chǎng)硬戰(zhàn)。
下集：獲得重生