第十六集-決戰(zhàn)
在南極，三臺(tái)EVA與那最后兩位使徒戰(zhàn)斗，最后，真嗣駕駛著三號(hào)機(jī)抱著子宮天使一起掉入裂縫之中中，在凌和明日香的喊叫中，裂縫爆炸，閃出白光......
首先，先讓我們回到事情發(fā)生前的一段時(shí)間里。
時(shí)間，兩天前，學(xué)校放學(xué)后。
黃昏照在大地上，碇巧與千鶴兩人在教室里面，千鶴在用電腦查著什么，碇巧則站在窗前，望著太陽(yáng)落山。此時(shí)，千鶴查到了一些信息。
信息里面說(shuō)，seele已經(jīng)讓最后的兩位使徒出現(xiàn)在南極，但碇巧沒(méi)有理會(huì)，并且讓千鶴先隱瞞這件事，不要告訴他們?nèi)?。千鶴尋問(wèn)為什么，碇巧沒(méi)有回答，直接走出了教室。
宿舍里，三人閑的無(wú)聊看著電視，這時(shí)真嗣腦內(nèi)的恐怖感到異樣。
恐怖：我聞到了。
真嗣：聞？聞到什么啊。
恐怖：同類的味道，并且還不止一只。
真嗣：你說(shuō)什么？
旁邊的凌和明日香看著真嗣自言自語(yǔ)，聞他在跟誰(shuí)說(shuō)話，真嗣說(shuō)是上次那個(gè)侵入他腦內(nèi)芯片的使徒，現(xiàn)在只想待在真嗣體內(nèi)，不想再出來(lái)了，而且現(xiàn)在也是他們的同伴。兩人聽(tīng)完表示了解了，明日香聞?wù)嫠每植勒f(shuō)了什么，然后明日香就聽(tīng)到恐怖的聲音，恐怖告訴三人現(xiàn)在最后兩位使徒已經(jīng)出現(xiàn)，但具體位置不能確定，因?yàn)榫嚯x相差太遠(yuǎn)。
三人立刻將此時(shí)匯報(bào)了上去，赤木查了一下，南極信號(hào)站并沒(méi)有說(shuō)使徒出現(xiàn)，其他國(guó)家也沒(méi)有發(fā)送使徒襲擊的求救信號(hào)，但這樣依然不能掉以輕心，上頭命令馬上收拾好東西準(zhǔn)備前往南極一探究竟。
碇巧這邊，他在家里翻閱著很久之前調(diào)查出來(lái)的資料，上面記錄著關(guān)于亞當(dāng)?shù)膶?shí)驗(yàn)和沖擊時(shí)死亡的科學(xué)家名單，而其中有一對(duì)鈴原夫婦，正是鈴原千鶴的父母。
15年前，因?yàn)閷?shí)驗(yàn)的失敗，千鶴父母離世，只留下當(dāng)時(shí)年僅九歲的千鶴，在葬禮上，千鶴發(fā)誓一定要給父母報(bào)仇并查明離世的真相。如今，15年過(guò)去了，千鶴長(zhǎng)大了，但兒時(shí)的誓言一直沒(méi)忘，一邊暗地里調(diào)查seele，一邊當(dāng)著老師。
直到有一天，碇巧找到了千鶴，并把這些事告訴了千鶴，要求合作，碇巧說(shuō)只要愿意，seele他會(huì)幫忙滅掉，并且能告訴她父母離世的真相，但是以后資料得由她負(fù)責(zé)調(diào)查。
聽(tīng)到可以消滅掉seele和離世真相，千鶴立馬答應(yīng)了。為了兌現(xiàn)承諾，碇巧先告訴了千鶴父母離世的真相。碇巧隨手一揮，一個(gè)隧道開(kāi)啟了，碇巧帶著千鶴走進(jìn)去，當(dāng)走出隧道，看見(jiàn)的是自己父母在研究亞當(dāng)一事忙前忙后，最后在實(shí)驗(yàn)中被亞當(dāng)同化后死亡。
千鶴不敢相信眼前的一切，但碇巧讓他看看墻上的日歷，上面清楚的寫(xiě)著2005年9月13日。碇巧讓她看到了15年前發(fā)生沖擊時(shí)的一切。
回到現(xiàn)實(shí)，千鶴問(wèn)碇巧到底是什么人，碇巧回答“來(lái)自別的世界”
千鶴：別的世界？你說(shuō)你不是這個(gè)世界的人？
碇巧：沒(méi)錯(cuò)，就憑你剛剛看到的就能證明我不是人類，而是，神。
碇巧雙眼泛出紫色的光。
千鶴：既然如此，你為什么來(lái)到這個(gè)世界。
碇巧：其實(shí)我那邊的世界和這里的世界差不多，都有使徒，都有EVA。但是呢，在全部使徒解決完之后的有一天里，使徒再次出現(xiàn)，隨后為了查明原因，順藤摸瓜就來(lái)到這了。
回憶結(jié)束，回到時(shí)間線為事件發(fā)生的兩天前，碇巧放下了資料，走到窗前，看著外面的夜色，說(shuō)“他們也差不多行動(dòng)了”
時(shí)間線，兩天后，現(xiàn)在。
NERV整裝待發(fā)，行駛在南極海域，登陸后，三人駕駛著EVA調(diào)查著南極。冰天雪地里，狂風(fēng)大作，視野不好，行動(dòng)也變得緩慢。這時(shí)，明日香感覺(jué)腿上有什么東西纏在什么，剛想去抓就被電擊了，二號(hào)機(jī)應(yīng)聲倒下。這時(shí)狂風(fēng)停下，一位有著人性型外表的天使降臨在地面。而這就是最后的使徒其一，自由天使。剛剛那個(gè)給二號(hào)機(jī)造成傷害的使徒來(lái)到自由身邊，最后的使徒其二，子宮天使，整體是一條的，全身散發(fā)著白光，攻擊主要靠電擊來(lái)麻痹對(duì)手。
現(xiàn)在，最后的使徒與三臺(tái)EVA相遇，決戰(zhàn)開(kāi)始。凌和明日香對(duì)戰(zhàn)自由，真嗣一人對(duì)戰(zhàn)子宮。凌和明日香一人一邊揮拳攻向自由，但自由很輕松的接下來(lái)了，一甩就將兩臺(tái)EVA甩開(kāi)。真嗣那邊，因?yàn)樽訉m天使有著強(qiáng)電流，EVA的外殼和粒子刀又是金屬，不能碰到，在想到辦法前只能用地上的冰塊去砸它。
另一邊，凌和明日香還在和自由戰(zhàn)斗著，但是自由是所有使徒里戰(zhàn)斗能力和戰(zhàn)斗意識(shí)是最強(qiáng)的，兩人在這么配合對(duì)于自由來(lái)說(shuō)都像是捏死螞蟻一樣簡(jiǎn)單。真嗣被子宮逼到她們哪里，三人被倆使徒圍著。
真嗣想了想，想到一個(gè)辦法，但這個(gè)辦法風(fēng)險(xiǎn)很大，而且最多也就只能極限一換一，還是虧。
自由站在三人面前，眼睛發(fā)射出死光，一擊將三人擊倒，子宮趁機(jī)上前纏住三人，釋放超強(qiáng)電流，將EVA里面的電路燒斷了不少，現(xiàn)在面對(duì)絕對(duì)的劣勢(shì)，真嗣沒(méi)有放棄，最先站了起來(lái)，不管傷勢(shì)和機(jī)體還有使徒的攻擊，徑直沖向自由。
真嗣用上全力將自由推到裂縫附近，自由把真嗣踢開(kāi)，倒在地上的真嗣又站了起來(lái)，再次沖向自由，想要把自由推進(jìn)裂縫里后啟動(dòng)EVA的自爆系統(tǒng)來(lái)個(gè)極限一換一。就在快要推到自由時(shí)，子宮來(lái)?yè)v亂了，它推開(kāi)自由，纏住真嗣后一同掉進(jìn)裂縫里。
這時(shí)剛趕來(lái)的兩人正好看到這一幕，同時(shí)大喊道“真嗣！”但來(lái)不及了，隨著一道白光閃過(guò)，EVA與子宮天使消失在裂縫中，因?yàn)閯倓偟谋?，把裂縫堵上了，那個(gè)同化人類的力量也就此被封印了起來(lái)。
但眼下還有一只超強(qiáng)的使徒，目睹了這一切的兩人現(xiàn)在內(nèi)心充滿憤怒，剛想上前與自由打個(gè)你死我活的時(shí)候，又有一到死光閃過(guò)。這道死光比自由的還有強(qiáng)上許多，一擊就解決掉了一座巨大的冰山。
兩人和自由看向遠(yuǎn)程大海，這時(shí)，海被分開(kāi)了，如同圣經(jīng)里的上帝一般將海斷開(kāi)，形成一個(gè)寬敞的道路。而在道路中間的，是最終號(hào)機(jī)，碇巧來(lái)了。
碇巧來(lái)到戰(zhàn)場(chǎng)，說(shuō)她們兩個(gè)不是自由的對(duì)手，這樣報(bào)不了仇。碇巧說(shuō)把這個(gè)使徒交給他，他會(huì)幫真嗣報(bào)仇。
兩人緩下情緒，碇巧與自由開(kāi)戰(zhàn)，自由一拳打在最終號(hào)機(jī)身上，但是沒(méi)有。碇巧反手也是一拳，但是不一樣，一拳直接把自由打倒在地，之后乘勝追擊，一套漂亮的組合拳把自由打得完全沒(méi)有招架之力，實(shí)力相差得太懸殊了。
自由從地上站了起來(lái)，舉起一只手，像是在召喚什么，隨后一把武器從天而降，是失蹤了很久的朗基努斯之槍。自由走上前想拿起郎槍，但是郎槍卻飛到了最終號(hào)機(jī)手上。
碇巧：朗基努斯之槍，本就是我的東西，即使是這個(gè)世界上的，我依然能夠使用。
現(xiàn)在郎槍在敵人的手上，自由見(jiàn)勢(shì)不妙，想要逃走，被碇巧的瞬移擋住去路，隨后一擊貫穿使徒核心，最后的使徒也別打敗了，但是真嗣......
碇巧：他沒(méi)有死。
兩人聽(tīng)到真嗣沒(méi)事高興極了，立刻問(wèn)真嗣在哪里，碇巧帶走兩人來(lái)到地上，走到一處，那里有一個(gè)彈出插入栓，是三號(hào)機(jī)的，但是真嗣卻不知道在哪里，插入栓也只剩下一個(gè)空殼......
第十六集-完
預(yù)告：真嗣失蹤后的兩年，第一使徒亞當(dāng)蘇醒，面對(duì)有著同化所有人類力量的亞當(dāng)，幾人又該如何面對(duì)。
下集麗篇終章：forever to sky