智悲沒有料到，移植靈魂樹之后帶來的后果。靈魂樹移植到太極號之后，潘多拉星球漸漸地出現(xiàn)了一些奇異變化。
首先，是死神獸的異常，它是潘多拉星球的頂級捕食者，黑色皮膚帶紅色或黃色條紋，體形有點像地球上的猛虎。死神獸本就兇猛無比，最近更加暴戾，頻頻攻擊納美人，已經(jīng)連續(xù)出現(xiàn)納美人被吃掉的情況。接著，出現(xiàn)了錘頭雷獸群體攻擊納美人駐地情況，又出現(xiàn)蛙蛇狼群攻擊納美人群的現(xiàn)象，還頻頻出現(xiàn)有重鎧馬、伊卡蘭拒絕與主人聯(lián)連的現(xiàn)象。一切開始變得異常詭異，納美人把這些現(xiàn)象都歸結(jié)為靈魂樹的移植，心中難免怨憤。
更加嚴重情況出現(xiàn)了，納美人最親近自然，晚上不用人工照明，視力極好，森林樹木在夜晚能發(fā)出幽藍色光亮。靈魂樹移植之后，森林在晚上失去了它的光彩，光線變得越來越幽暗。白天，樹葉開始卷曲，枝條下垂，森林仿佛失去了活力。這是納美人無法接受的現(xiàn)實，納美人的吃穿住行都來自于森林，森林就是他們的家園，納美人的怨恨與日俱增。
這一日，楊一凡帶領(lǐng)兩名研究人員在森林里面收集精靈水母?？墒峭砩?，沒有回到營地，這是很危險的事情，就連納美人在夜晚也不敢出去。天亮之后，人們在森林中發(fā)現(xiàn)三人的尸體，尸體并沒有野獸吃掉，而是被摔死在森林里面，是否人為？不得而知。
但是，人們能猜到，楊一凡對靈魂樹秘密的發(fā)現(xiàn)，成了納美人殺他的理由。地球人漸漸地回到了太極號上。潘多拉星球上幾乎沒有了地球人的蹤跡，只有變形金剛在地下工廠幫助納美人建造太空飛行器。
智悲心知肚明，心中痛苦不堪。坐在佛頭主控室內(nèi)，連通了佛祖意識，懺悔道：“佛祖，我做錯了一件事，毀掉了潘多拉星球！受到了納美人的怨恨！”佛祖說：“你發(fā)心是好的，要繼續(xù)發(fā)大悲心，納美人終會明白，誤會終會消失。”
第二天清晨，智悲出現(xiàn)在空中，身長百丈，端坐蓮臺，散發(fā)出萬道佛光。納美人漸漸匯集到寬闊的草坪上，太極號的雙層機殼變得透明，里面的人靜靜地望著空中的智悲。
智悲開口道：“我佛慈悲，發(fā)愿要拯救蒼生，然而，拯救靈魂樹時，不料傷害了潘多拉星球，也傷害了潘多拉星球上的生靈。太極號應懷著贖罪的心情，投入到納美人飛行器的建設中。太極號將再派一支皇極艦隊，再造一艘太空航母，兩艘航母可以容納下全球的納美人。同時，太極號再次向納美人開放五萬人口的入住名額。以減輕太極號所造的罪孽！”
智悲言罷，隱去身形，恢復了虛空。太極號內(nèi)的人皆低頭懺悔，納美人則面對虛空跪拜于地。飛行器的建設更加緊鑼密鼓地進行著，太極號內(nèi)的潘多拉村，納美人從五萬變成了十萬。
地球人在艙內(nèi)納美人的帶動，又開始走出艙外，活動在潘多拉星球上。納美人的怨恨也收斂起來，有了兩艘航母，他們的生命將得到更大的保障，完全可以原諒地球人的無心之過。星球注定毀滅，家園終將消失，只是時間早晚一點罷了。
公元2072年，納美人的兩艘航母最終建成，航母形如橄欖球，長直徑有一千里公里，短直徑有五百公里，為節(jié)省空間，同地球的太空飛碟一樣，內(nèi)部都建成了鋼鐵城市。不同的是橄欖形航母內(nèi)分了七層，能量核在最中間一層。地球的太空飛碟內(nèi)分兩層，中間突出的部分才分了七層，能量核也在中間一層。
親近自然的納美人在他們的航母里內(nèi)布置了很多植物，好像建在客廳內(nèi)的花壇。在靈魂樹移走的這幾年時間里，潘多拉星球的森林和動物消失了八成，甚至連空氣的成份也發(fā)生了變化。變成了一顆不適人居的星球。兩億納美人分別搬進了特魯克號、伊卡蘭號航母。
與此同時，比尼克星球的太空飛行器已建成。其形態(tài)猶如一只飛翔的雄鷹，能量核安放在扇形的尾部，水平展開的兩翼達一千公里，兩翼內(nèi)艙分二層，中部內(nèi)艙分七層。比尼克星球也難再現(xiàn)往日的山清水秀，由于核輻射持續(xù)的影響，許多翼人都得了輻射病，壽命大大地縮短了，比尼克星已變成了一顆不適人居的星球。
好戰(zhàn)的玄翼人最終還是毀掉了自己的家園，比尼克星球上，留下了五百萬罪孽深重的玄翼人戰(zhàn)犯，讓他們留在這顆行將毀滅的星球自生自滅。其余四千五百萬的翼人全部搬進了翼人號航母。
翼人接到太極號發(fā)出的信息，最終，依依不舍放棄了他們的家園，駕駛翼人號來到了潘多拉星球。智悲和納美人酋長杰森決定挖盡雷巖，放棄潘多拉星球。太極號內(nèi)的十支皇極艦艦隊全部出動，在潘多拉星球上，一千八百萬個變形金剛都鉆到地下，挖掘雷巖。
大約三年時光，雷巖堆滿了十支皇極艦艦隊的內(nèi)艙，特魯克號、伊卡蘭號、翼人號也儲備了足夠的雷巖。潘多拉星球已徹底變成了一顆荒蕪的星球，完全失去了生機。
公元2075年，太極號帶領(lǐng)著特魯克號、伊卡蘭號、翼人號向地球出發(fā)。智悲坐在主控室內(nèi)，望著屏幕上浩瀚的宇宙，心中想著地球上的事，“不知地球情況如何了，十架飛碟應該建完了吧？七十六億人口，也只能救十億，其余六十六億人口就只能等死了嗎？會出現(xiàn)什么情況？會互相殘殺嗎？”智悲已經(jīng)感應到了地球的災難。
四大航母在太空中以光速航行了四年半，終于到達了地球上空。地球的外太空有十架飛碟，其形如鐃鈸，正圍繞地球旋轉(zhuǎn)，在地球上，會看到仿佛多出了十個月亮。地球的蔚灰色已經(jīng)變成灰藍色，南北兩極冰山不復存在。地球災難看起來已經(jīng)發(fā)生了。
智悲收到了十個地球航母發(fā)來的信息，智悲邀請了十個飛碟的代表前來太極號。代表們告訴了智悲近年來地球發(fā)生的事情，由于近年來太陽耀斑活動加劇，常有伽瑪射線暴襲來，大氣臭氧層出現(xiàn)了許多洞口，引起溫度持續(xù)升高，全球平均溫度高達五十度，高溫天氣持續(xù)時間延長，人類已經(jīng)無法適應環(huán)境的變化。
北極、格陵蘭、南極冰山融化，海面上升，眾多島國，以及大陸沿海城市都被淹沒。農(nóng)作物欠收，森林植被瘋長。冰層中被冰凍了十幾萬年的古冠五代病毒，席卷全球，致死率高達百分之五十。疫苗對病毒根本不起作用，疫苗還未研制出來，病毒就進化到了下一代，而且病毒的危害性也越來越大。人類處于疾病和饑餓之中，所有學校、行政、交通、運輸、商業(yè)、娛樂、生產(chǎn)等部門都已關(guān)閉了。
目前，已經(jīng)發(fā)展到了古冠十代病毒，人類一旦感染，三五日之后，病人便噴血暴葬，全球死亡人數(shù)高達四十多億。人類幾乎放棄了掙扎，能產(chǎn)生免疫的個人，便會被飛碟派出的機器人剝光衣服，消毒殺菌，全身掃描，核酸檢測，隔離二十日之后，由運輸艦送到航母之內(nèi)，成為航母中的一員。全球這樣的服務機器人多達五千萬個，在日夜不停的對人類進行篩查。機器人分工明確，工作效率很高，有掃描機器人、檢測機器人、運輸機器人等。
現(xiàn)在，進入十個航母內(nèi)的人類，分別有二千多萬到四千多萬不等，總共有六億多人口。地球飛碟不想放棄絕望的地球人類。十個飛碟懸浮在外太空，成為了地球的臨時衛(wèi)星。智悲將十支皇極艦艦隊采到的雷巖，分別送到了“亞洲號、非洲號、歐洲號、美洲號、北極號、南極號、太平洋號、大西洋號、印度洋號、北冰洋號、”十架航母之中。
地球的現(xiàn)狀越發(fā)慘烈，因糧食短缺，人類爭搶食物，相互殘殺。往日繁華的城市，都變成一座座死城，到處是斷垣殘壁、破磚爛瓦。除了機器人在活動，人類仿佛躲進了洞中。智悲派出了一千八百萬變形金剛到達地球，啟動了生產(chǎn)活動和治安管理。
經(jīng)過兩年的篩查工作，地球飛碟最終只收到七億五千萬人口，而剩下的是瀕臨死亡的人類和環(huán)境惡劣的星球。人類敗給了看不見的敵人古冠病毒，病毒占領(lǐng)了地球。