建文三年，朱棣再次討要北平，徐增壽不給，無奈朱棣決定直接率兵南下，臨江一決。道衍亦支持不再與盛庸、平安等糾纏，直趨京師。一路上勢如破竹，先頭部隊(duì)打到了徐州，而朱允文令駙馬都尉梅殷任總兵官，鎮(zhèn)守淮安。同時(shí)令徐輝祖率兵援山東！
目前徐家沒人公開支持朱棣，所以朱允文還得利用徐家在軍中的威信。二月初一，南軍將領(lǐng)何福、平安、陳暉進(jìn)兵濟(jì)寧，盛庸進(jìn)兵淮上。朱棣派兵襲擊南軍餉道后，二月二十一日，燕軍擊敗徐州的出戰(zhàn)軍隊(duì)，徐州自此閉城死守。
徐州堅(jiān)守不出，朱棣遂不再理會(huì)，繼續(xù)南下。三月初一，燕軍進(jìn)逼安徽宿州。三月初九，抵達(dá)渦河（今安徽蚌埠市懷遠(yuǎn)縣以北）。平安見到燕軍一路南下，帶兵來追；但三月十四日在淝河中了朱棣所設(shè)的伏兵，只得退回宿州。三月二十三日，朱棣遣將斷徐州餉道，鐵鉉等率兵圍攻，互有勝負(fù)。四月十四日，燕軍進(jìn)達(dá)睢水之小河，搭浮橋。次日，平安、何福領(lǐng)軍奪橋，雙方隔河僵持。數(shù)日后，南軍糧盡，朱棣決定偷襲。半夜，渡河繞至敵后；但徐輝祖援兵正好趕到，四月二十二日，雙方戰(zhàn)于齊眉山（靈壁縣西南三十里），南軍大勝，斬燕將李斌。
南軍再次獲得勝利，再加上暑熱，燕軍陷入窘境。四月二十三日，燕軍眾將要求北返，擇地休整，朱棣不同意，說“欲渡河者左，不欲者右?！贝蟛糠萑苏居谧髠?cè)，朱棣怒。朱能這時(shí)強(qiáng)力支持朱棣，表示“漢高祖十戰(zhàn)九不勝，卒有天下”，堅(jiān)定了燕軍堅(jiān)持的決心。這時(shí)，朝廷訛傳燕軍已兵敗，京師不可無良將，遂召回徐輝祖。四月二十五日，考慮到在河邊不易防守，何福移營，與平安在靈壁（一作靈璧）深溝高壘作長遠(yuǎn)之計(jì)。由于糧道被燕軍阻礙，平安親自率兵六萬護(hù)衛(wèi)糧草。四月二十七日，朱棣率精銳襲擊平安，將其一分為二；何福全軍出動(dòng)救援，朱高煦也率伏兵出現(xiàn)，何福敗走。
南軍缺糧，何福與平安決定次日（二十九日）突圍而出，在淮河取得給養(yǎng)，號令為三聲炮響；次日，燕軍攻打靈壁墻壘，進(jìn)攻信號正巧也是三聲炮響。于是南軍以為是己方號炮，紛紛奪路而逃；燕軍趁勢進(jìn)攻，南軍全軍覆沒。靈壁之戰(zhàn)就此意外結(jié)束。此戰(zhàn)燕軍生擒了陳暉、平安、馬溥、徐真、孫成等三十七員敵將，四名內(nèi)官（宦官），一百五十員朝廷大臣，獲馬二萬余匹，降者不計(jì)其數(shù)。只有何福單騎逃走。靈壁之戰(zhàn)徹底擊潰了南軍主力，此后燕軍在長江以北再也沒有遇到像樣的抵抗。一千六百年前決定楚漢之爭勝敗的垓下之戰(zhàn)就發(fā)生在靈壁附近，可謂歷史的巧合。
靈璧之戰(zhàn)后，燕軍向東南方向直線前進(jìn)，直撲南京。泗州，盱眙，揚(yáng)州，高郵望風(fēng)而降，五月二十二日，朱允炆遣慶成郡主（朱元璋的侄女、朱棣的堂姐）與朱棣談判，表示愿意割地。朱棣說“此奸臣欲姑緩我，以俟遠(yuǎn)方之兵耳?！笨ぶ鳠o言以對，遂返。
與此同時(shí)，林海帶領(lǐng)精銳三萬快速南下，畢竟補(bǔ)給卡車有限，林海能攜帶物資的最大量也只有三萬步兵補(bǔ)給！北平城中還有五千守兵，兩千巡邏兵，這也是林海一年休養(yǎng)生息的成果。
六月初一日，燕軍準(zhǔn)備從浦子口渡江，但遇到了盛庸最后的抵抗。燕軍戰(zhàn)不利，朱棣打算議和北還。此時(shí)朱高煦引兵來援，朱棣非常高興，說“努力罷！世子常常生病啊。”暗示朱高煦有機(jī)會(huì)取得儲(chǔ)君寶座，于是朱高煦大受鼓舞，率眾殊死戰(zhàn)，擊敗盛庸。隨后中央軍的一支水軍部隊(duì)降燕，燕軍遂于六月初三日自瓜洲渡江，并再次擊敗退守此地的盛庸。六月初六日，燕軍至鎮(zhèn)江，守將率城投降。
六月初八，燕軍駐扎于龍?zhí)叮ň嗑熃鹆陽|約30公里），朝廷大震。朱允炆徘徊殿間，召方孝孺問計(jì)。有人提議逃往內(nèi)地以圖興復(fù)，方孝孺表示城中尚有二十萬兵，應(yīng)堅(jiān)守待援；即使真戰(zhàn)敗，國君為社稷而死，是理所應(yīng)當(dāng)?shù)??？梢栽倥纱蟪?、在京諸王前往談判以拖延時(shí)間。于是六月初九，派李景隆、茹瑺等見朱棣，再次談判；朱棣表示割地?zé)o名，只要奸臣。六月初十，遣谷王朱橞（建文元年逃回京城）、安王朱楹等第三次前往談判，無果。
建文朝陷入了恐慌中，外出募兵的大臣們?nèi)晕捶祷?，朱允炆只得派在京諸王和武臣們守衛(wèi)各門。國難思忠臣，也是看清一個(gè)人是忠是奸的舞臺(tái)。朱棣還沒打來，很多人就像投降了，其中最出名的就數(shù)朱橞和李景隆，不然南京好歹是大城，國都的存在，不至于立馬被攻破！